Cronologia:
[a] sec. XI: è documentata l’esistenza del monastero di San Tommaso.
[b] sec. XIV (prima metà): lavori di ampliamento e di restauro della chiesa; dedica a San Tommaso di Canterbury.
[c] 1484-1504: ricostruzione completa e ampliamento della chiesa e del chiostro.
[d] 1805-1810: per decreto napoleonico il convento viene soppresso, demanializzato e destinato all’uso militare; la chiesa è mantenuta al culto.
[e] 1838-1840: è documentata la destinazione a caserma del monastero demanializzato di San Tommaso.
[f] 1856-1858: demolizione quasi completa del monastero e costruzione del carcere militare di guarnigione (Garnisons Stockhaus).

Committente/Progettista:
[a] Committente sconosciuto / progettista sconosciuto.
[b] Ordine dei Carmelitani Calzati / progettista sconosciuto.
[c] Ordine dei Carmelitani Calzati / progettista sconosciuto.
[e] Impero absburgico; F.M. J.Radetzky (Comandante d’Armata): F.M. Gyulai (Comandante d’Armata dal 1857 al 1859) / —
[f] Impero absburgico; FM. J. Radetzky (Comandante d’Armata) / colonnello Felix von Swiatkiewicz (Direttore della Genie Direction di Verona); tenente Aladar von Berzeviczy (in servizio alla Genie Direction di Verona).

Proprietà:
   Demanio dello Stato.

Descrizione:
   Il nuovo carcere di guarnigione (Garnisons Stockhaus), occupa un lotto trapezoidale, adiacente al fianco meridionale della chiesa di San Tommaso, in precedenza occupato dal monastero, con il grande chiostro quadrangolare e alcune corti minori. Il carcere si articola su tre corpi di fabbrica lineari: i due maggiori si affacciano, rispettivamente, sullo stradone di San Tommaso e sulla via retrostante dell’isolato, vicolo Campanile di San Tommaso. Il terzo corpo di fabbrica, minore, li collega a meridione. Verso l’interno i medesimi fabbricati delimitano una grande corte quadrangolare; un cortile di servizio è annesso a sud del tratto minore e lo divide dagli altri fabbricati civili dell’isolato.

   Il tratto principale, contiguo alla facciata della chiesa, conteneva gli uffici, con la cancelleria, gli archivi, e gli alloggiamenti del personale addetto alla custodia. Al centro, verso il cortile, sporgeva il corpo poligonale della cappella, in asse con l’androne d’ingresso. Le due campate iniziali, adiacenti alla chiesa, pur inserite nel nuovo edificio, non appartenevano al Carcere,  ma alla casa canonica. Questa era collegata da un passaggio, lungo il fianco della chiesa, alla vecchia sagrestia, sulla via retrostante, unita all’altro tratto del Carcere, destinato, con l’ala minore, alle celle. Il passaggio adiacente al fianco della chiesa è il resto del chiostro quattrocentesco, con gli archi murati, che continua anche sul lato della sagrestia, a levante.

   La facciata principale, a composizione rigorosamente uniforme, è in stile neomedievale, Rundbogenstil, secondo i più aggiornati orientamenti dell'architettura militare absburgica, già applicati nel nuovo arsenale. La composizione è caratterizzata dalla sequenza delle finestre monofore, con arco a tutto sesto, e dai tre portali simmetrici. Un’ispirazione alla tradizione del romanico veronese si avverte nel paramento policromo di tufo, alternato a corsi di laterizio, anche se il rivestimento di tufo, a opus poligonale, richiama l’apparecchio murario delle fortificazioni absburgiche.
   La facciata è coronata dal cornicione a dentelli di laterizio; la modanatura che separa il piano terra dai piani superiori riprende, semplificandolo, il disegno del cornicione.

Stato di conservazione:
   Discretamente conservato, l’edificio è in corso di restauro e ristrutturazione per la nuova sede del Museo Archeologico Statale.

Osservazioni:
   Alcuni storici riferiscono l’esistenza di un monastero già nel secolo XI, con una chiesa dedicata a San Tommaso apostolo. Non è noto l’originario ordine monastico, ma è documentata nel XIII secolo la presenza dei Carmelitani Calzati. Nel 1316 la chiesa fu dedicata a San Tommaso di Canterbury; durante gli anni successivi, sino alla metà del secolo XIV, la chiesa fu restaurata. Negli anni 1484-1504 al posto della chiesa preesistente e di quella dedicata a Santa Maria Annunziata (costruita dagli stessi Carmelitani calzati negli anni 1348-1351), la chiesa fu completamente riedificata e ampliata nella forma attuale. Il bel portale in stile tardogotico veneziano risale al 1493. Probabilmente, negli stessi anni venne ricostruito anche il chiostro.
   Durante la prima occupazione francese il chiostro fu adibito a ospedale militare, nel 1796.
   Con la soppressione del convento negli anni 1805-1810, per decreto napoleonico, la chiesa divenne sussidiaria di San Paolo di Campo Marzo; il monastero demalializzato venne destinato all’esercito.
   In epoca absburgica, inizialmente si mantenne la destinazione a caserma; ancora nella pianta di Verona pubblicata nel 1850, rielaborata per uso militare negli anni 1852-1853, al n. 117 del repertorio allegato è indicata, nel monastero demanializzato, la Caserma Erariale di San Tommaso, per 184 uomini. Dopo il 1856-1857, demolito quasi completamente il monastero, tranne l’ala settentrionale e la parte sul fronte orientale destinato a sagrestia, venne edificato il Carcere Militare di Guarnigione (Garnisons Stockhaus) di San Tommaso. La chiesa, nel 1859, fu adattata all’uso di magazzino per il fieno e la paglia; fu restituita al culto come parrocchia nel 1867.

   Sotto l’amministrazione italiana l’edificio absburgico ebbe varie destinazioni, tra cui quella di sede del Comando della Divisione Territoriale.