Johann von Hlavaty nacque il 12 febbraio 1788 a Brandeis, sul fiume Elba, città della Boemia.
Completati gli studi all’Accademia degli Ingegneri di Vienna fu nominato cadetto nel 1807; l’anno successivo venne ammesso al servizio e assegnato come tenente ingegnere alla Direzione delle Fortificazioni nella piazzaforte di Theresienstadt.

Nella città fortezza progettata nel Settecento dal veronese Carlo Pellegrini, von Hlavaty prese contatto con l’architettura delle fortificazioni.
Durante le campagne di guerra contro Napoleone venne assegnato, nel 1813, all’armata principale. Con il luogotenente feldmaresciallo Joseph von Danno (1742 – 1816), che era il suo direttore a Theresienstadt, partecipò alle operazioni del blocco di Dresda. Per l’armata francese era la principale piazzaforte di manovra sulla linea dell’Elba, ed era stata munita di forti distaccati e di una nuova cinta magistrale.
Il 26 e 27 agosto attorno a Dresda si scatenò una sanguinosa battaglia che costò agli alleati – prussiani, austriaci, russi, inglesi, svedesi – la perdita di oltre 40.000 soldati, senza ottenere la caduta della piazzaforte, né la sconfitta dell’armata napoleonica. Ma da Dresda era iniziata la manovra di aggiramento, ideata da Radetzky, conclusa a Lipsia in ottobre, che portò alla sconfitta di Napoleone e alla liberazione della Germania.

Hlavaty, l’anno successivo, con lo stesso von Danno, partecipò all’assedio di Hüningen, in Alsazia, fortezza che oppose resistenza fino alla conclusione della guerra.
Nel 1815, promosso luogotenente capitano, fu inviato alla fortezza di Temesvár, dove rimase fino al 1816. Poi, per sei anni, prestò servizio alla Direzione di Graz.
Dal 1823 al 1827, il capitano ingegnere von Hlavaty venne assegnato alla Direzione Distrettuale delle Fortificazioni di Milano, dove ebbe l’opportunità di iniziare la sua fortunata collaborazione con Franz von Scholl.

Successivamente, nominato Direttore delle fortificazioni a Sebenico, fino al 1827, e a Ragusa, fino al 1831, si dedicò allo studio delle fortificazioni costiere della Dalmazia. Nel mese di aprile dello stesso anno venne però richiamato alle piazzeforti del Lombardo-Veneto e, dopo un breve periodo a Legnago, iniziò la sua lunga attività - durata quasi 25 anni - per le fortificazioni di Verona che, nell’insieme, rappresentano l’opera principale e conclusiva della sua vita. Dal mese di agosto del 1831, assegnato alla Feld-Genie-Direction di Franz von Scholl, intervenne per allestire difese provvisorie alle fortificazioni di Milano, Borgoforte, sul Po, e Valeggio, sul Mincio, in previsione di imminenti operazioni di guerra contro la Francia.

Nel 1832, stabilita la decisione di ricostruire le fortificazioni di Verona, secondo la proposta del luogotenente feldmaresciallo Radetzky, collaborò con il maggiore generale von Scholl agli studi preliminari e all’elaborazione dei progetti d’insieme. Scholl, che riconosceva il particolare talento di questo ufficiale ingegnere, gli affidò la conduzione dell’imponente cantiere fortificatorio di Verona; nella primavera del 1833 il maggiore von Hlavaty fu nominato Direttore dei lavori di fortificazione, incarico che mantenne fino al 1848.

Nel 1842 il progetto di Franz von Scholl era stato completamente attuato da Hlavaty il quale, oltre alla diretta responsabilità operativa dei molti cantieri, coordinava l’attività di un numeroso gruppo di ufficiali, inviati alla Befestigungs-Bau-Direction di Verona, scelti tra i più qualificati nel Corpo degli Ingegneri absburgico.

Nel periodo 1832 – 1842 i lavori per le fortificazioni di Verona erano i più rilevanti nei territori della monarchia e perciò venivano osservati con particolare attenzione dal Consiglio Aulico di Guerra e dall’Imperatore: col rescritto dell’Arciduca Giovanni, Direttore Generale del Genio, il 10 novembre 1838 venne comunicata a Hlavaty "la sovrana soddisfazione per la sua condotta di servizio nei lavori delle fortificazioni di Verona…”.

Dall’anno 1844, promosso colonnello, gli venne affidato anche l’incarico provvisorio di Direttore Distrettuale delle Fortificazioni per le Venezie. Durante la guerra del 1848-49 partecipò alle operazioni come Direttore del Genio da Campo della II Armata, incarico che mantenne fino al 1855. Johann von Hlavaty era giunto a Verona all’età di 43 anni, come capitano ingegnere, e vi concluse la sua carriera, nel 1855, a 68 anni, col grado di luogotenente feldmaresciallo. Sotto la sua direzione era stata ricostruita la Cinta magistrale, erano stati eretti i forti collinari, i primi forti esterni annessi alla cinta e si erano iniziate le fortificazioni del rideau di San Massimo - Santa Lucia.

Come riconoscimento per la sua attività di architetto militare - onore assai raro, tributato solo a Franz von Scholl - gli venne intitolato un forte, nello sbarramento di Rivoli-Ceraino, l’opera posta più a nord, sul versante orientale della Val d’Adige, ultimato nel 1851. Hlavaty, lasciata Verona, si stabilì a Vienna, dove morì 1l 14 marzo 1870.